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質問2496：源泉徴収ありを選択した特定口座内の上場株式を譲渡しました。所得税・住民税は源泉徴収・特別徴収をされていたため、申告は不要とのことでしたが、申告をすると所得税の還付が受けられそうなので確定申告をしようと思います。住民税やその他の制度には何か影響がありますか？
当該所得を確定申告をした場合、住民税においても所得を算入して税額計算を行いますが、特定口座内で特別徴収されている住民税額については株式等譲渡所得割額控除として、計算した住民税額から税額控除される仕組みとなっています。
また、控除しきれなかった場合は、均等割額に充当（過去に未納分がある場合は未納分に充当）した上で、充当しきれなかった額は還付します（計算した住民税額よりも、特定口座内で特別徴収された税額が大きい場合は還付します）。

前述のとおり、確定申告した譲渡所得等は、住民税においても総所得金額等や合計所得金額に算入されますので、その結果、扶養控除や配偶者控除の対象から外れたり、扶養者やご自身の住民税額が上がる場合があります。それに伴い、国民健康保険料・介護保険料・後期高齢者医療保険料が上がったり、高齢者の医療機関窓口での自己負担割合が引き上げになる場合もあります。
なお、納税通知書が届く日までに、確定申告とは別に、区役所に「特定配当等・特定株式等譲渡所得金額申告書」をすることにより、所得税とは異なる課税方式（申告不要も含む）を選択することができます。住民税で申告不要を選択した場合、この譲渡所得等は、総所得金額等や合計所得金額には算入されません。ただし、株式等譲渡所得割額控除の適用もなくなりますので、ご注意ください。　（例：所得税は申告分離課税、住民税は申告不要制度）

※令和3年分の確定申告から、住民税において特定配当等・特定株式等譲渡所得の全部を申告不要（所得不算入）とする場合は、確定申告書第二表「住民税・事業税に関する事項」欄で選択できるようになりました。確定申告書に記載した場合は、区への申告書の提出は不要です。ただし、選択できるようになったのは当該所得の「全部」を申告不要とする場合のみです。「一部」を申告不要にしたい、所得税では総合課税にしたが住民税では分離課税にしたいなどの場合は、区への申告書の提出が必要ですのでご注意ください。

【関連リンク】

株式等の譲渡益や配当に対する税金
https://www.city.nerima.tokyo.jp/kurashi/zei/jyuminzei/tochikabushiki/kabusiki.html

【関連FAQ】
7865　特定配当等・特定株式等譲渡所得について、住民税において申告不要にするメリットとデメリットは何ですか？
7864　住民税が特別徴収されている上場株式等の配当・譲渡所得等があります。所得税は申告し、住民税は申告不要（所得不算入）にしたい（所得税と住民税で異なる課税方式を選択したい）です。手続き方法と時期を教えてください。

【お問合せ先】

税務課区税第一～第四係
TEL：03-5984-4537
FAX：03-5984-1223

メールでのお問い合わせ：
この担当課にメールを送る
作成日： 2022/01/19

更新日： 2022/01/19
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